Za vlády Marie Terezie a jejího syna Josefa II. došlo k mnoha reformám církevní správy v zemích rakouské monarchie. Ze zásahů, které lze počítat k pozitivním, bylo založení několika biskupství. Za panování Josefa II. vzniklo také českobudějovické biskupství.
Prvním biskupem jmenoval císař olomouckého kanovníka hraběte Jana Prokopa Schaaffgotscheho, který si měl vyžádat schválení papežského stolce. Tehdejší pražský arcibiskup se založením tohoto biskupství také souhlasil a podal do Říma žádost o jeho zřízení. Papež Pius VI. bulou 'Cunctis ubique' ze dne 20.9.1785 nové biskupství založil a současně potvrdil jmenování Schaaffgotscheho biskupem. Novému biskupovi byl určen za katedrální chrám farní kostel sv. Mikuláše, při kterém je zřízena katedrální kapitula. Sídlem biskupa se stala bývalá kolej piaristů.
Na Nový rok 1786 oznámil biskup pastýřským listem kněžím a věřícím budějovického, táborského, prácheňského a klatovského kraje, že tímto dnem vchází v platnost zakládací bula a vzniká biskupství českobudějovické.
Roku 1808 byly k českobudějovické diecézi připojeny Železná Ruda a Grafenried, které do té doby patřily diecézi řezenské. Po připojení Vitorazska k Československu 31.7.1920 spravoval tamní čtyři farnosti českobudějovický biskup jako apoštolský administrátor; do českobudějovické diecéze byly plně začleněny až v r. 1937. Po obsazení pohraničních oblastí s německým obyvatelstvem Německem na podzim r. 1938 byl pro zabraná území zřízen biskupský komisariát Vyšší Brod. S platností od 1.1.1940 byl rozdělen na čtyři části spravované biskupy ze sousedních německých diecézí (Linec, St. Pölten, Pasov, Řezno) ve funkci apoštolských administrátorů. Tato jejich funkce zanikla de facto osvobozením r. 1945, de iure až v lednu 1946.
Při vzniku plzeňské diecéze r. 1993 jí byl z českobudějovické diecéze postoupen celý domažlický vikariát, větší část nepomuckého vikariátu a polovina vikariátu klatovského - celkem 89 farností o rozloze cca 2 500 km2 s cca 115 000 obyvateli, kde působilo 19 kněží. Tehdy byly také upraveny hranice s pražskou arcidiecézí, které byla postoupena jedna farnost a od ní převzato 7 farností, a královéhradeckou diecézí, od níž bylo převzato 8 farností a jedna expozitura.