Z důvodu potřeby řešit aktuální otázky okolo pandemie koronaviru je příprava nového programového období oproti plánu zpožděna. I tak ale pokračuje příprava operačních programů.
Návrhy operačních programů by měly být předloženy pravděpodobně ještě během léta Vládě ČR. Návrhy neobsahují finanční alokace a dalších nevyjasněné body.
Struktura operačních programů 2021 - 2027:
Dokončení návrhů programů a jejich pravidel komplikuje několik překážek. Zásadní je stále neschválený víceletý finanční rámec (VFR). Poslední verzi VFR Evropská komise v reakci na pandemii předložila 27. května 2020.Součástí tohoto návrhu je i mimořádný nástroj na podporu obnovy nazvaný Next Generation EU, který má pomoci napravit bezprostřední škody způsobené koronavirovou pandemií a nastartovat oživení. Schválení unijního rozpočtu se neočekává dříve než koncem roku 2020.
Další komplikací při tvorbě operačních programů je návrh vzniku nového evropského fondu. Fond pro spravedlivou transformaci, jehož prostředky a aktivity by měly být primárně směřovány do tzv. uhelných regionů (Moravskoslezský, Karlovarský a Ústecký kraj), bude mít dopad na připravované operační programy. Pravidla využití tohoto fondu se mezi členskými státy stále diskutují.
Přípravy nového programového období také brzdí projednávání návrhu Evropské komise na pomoc evropských zemím snížit dopady krize. V rámci balíčku opatření by pro Evropské země mohlo být uvolněno až 750 miliard EUR. Stále ale probíhají diskuse, jakým způsobem by tyto prostředky měly být mezi členské země rozděleny a jaká budou pravidla jejich využití. Jednou z možností je i posílení rozpočtu na kohezní politiku v tomto programovém období. Tedy existuje teoretická možnost navýšení rozpočtu stávajících operačních programů. Tyto prostředky by tak částečně zaplnily mezeru mezi plánovaným koncem tohoto období a začátkem nového.
Již nyní je ale jasné, že start nového programového období se zpozdí. Pesimistické návrhy mluví o začátku čerpání až v roce 2023.