Součástmi České biskupské konference jsou komise. Biskupské komise se ustavují dle potřeby na dobu určitou či neurčitou. Jejich úkolem je na základě pověření plenárním zasedáním nebo Stálou radou připravit materiály pro plénum biskupské konference.
Přehled Komisí ČBK
1. Pro nauku víry
- kardinál Dominik Duka OP (předseda)
2. Pro liturgii (liturgický život, liturgická katecheze, liturgický prostor, umění, lidová zbožnost)
- biskup Vojtěch Cikrle (předseda)
3. Pro kněžstvo (semináře, formace a život kněží, trvalí jáhni, pomocníci v pastoraci)
- biskup Vojtěch Cikrle (předseda)
4. Pro katolickou výchovu (teologické fakulty, církevní školy, školské otázky všeobecně, katecheze, kurzy a osvěta)
- biskup Jan Baxant (předseda, univerzitní a vysokoškolská sekce)
- biskup Karel Herbst SDB (katechetická sekce)
- biskup František Václav Lobkowicz OPraem (sekce regionálního školství)
5. Ekonomicko-právní
- biskup František Václav Lobkowicz OPraem (předseda)
Smíšená komise ČBK a KVŘP
- biskup Jiří Paďour OFMCap (předseda)
- biskup František Václav Lobkowicz OPraem
- opat Michael Pojezdný OPraem
- S. Václava Dudová SCM






