Odbor koordinuje činnost následujících pracovních skupin:

Pracovní skupina diecézních projektových manažerů

Cílem této pracovní skupiny je výměna zkušeností, sdílení úspěchů i problémů, nových poznatků a přenos informací do diecézí a farností. Dle potřeby jsou na ni zváni hosté např. zástupci Centra pro regionální rozvoj, ministerstev, charit, místních akčních skupin atd. Skupina je tvořena pracovníky diecézí, kteří mají v kompetenci dotační politiku. Pracovní skupina se schází jednou za tři měsíce. 

Pracovní skupina fórum administrátorů církevních projektů

Cílem pracovní skupiny je diskutovat problémy, sdílet zkušenosti s realizací projektů a formulovat své problémy a dotazy. Vzhledem k tomu, že nejvíce církev čerpá v oblasti kultury, je  fórum zaměřeno právě na tuto oblast. Jednání se zpravidla účastní i zástupci Ministerstva pro místní rozvoj ČR a Centra pro regionální rozvoj. Členy tohoto fóra jsou kromě zástupců diecézí i zástupci externích poradenských firem, které jednotlivé projekty administrují. Fórum se setkává dle potřeby, zpravidla jednou za půl roku.  

Pracovní skupina zástupců ČBK v operačních programech 2014 - 2020

Cílem pracovní skupiny je zastupování Česká biskupská konference ve všech relevantních pracovních skupinách a monitorovacích výborech operačních programů. Pracovní skupinu tvoří tým odborníků z různých církevních subjektů diecézí, charit a center pro rodinu. Ke každému relevantnímu tématu je také vytvořena síť dalších spolupracovníků, tzv. připomínková skupina. Celý tým se schází minimálně jednou za čtvrtletí.