Odbor vznikl v roce 2012 jako reakce na nutnost koordinovaného vyjednávání podmínek čerpání církevních subjektů v programovém období 2014 – 2020. Hlavní náplní činnosti odboru je zjišťování potřeb a priorit církevních subjektů v oblasti dotační politiky, komunikace s řídícími orgány operačních programů a zprostředkování informací z oblasti evropských dotací dále do církevních struktur.

Odbor pořádá pravidelná setkání projektových manažerů diecézí a administrátorů církevních projektů. Dále koordinuje a zastřešuje činnost týmu odborníků, kteří působí v monitorovacích výborech a pracovních skupinách operačních programů.  Vybraní zaměstnanci diecézí pak mají možnost se zúčastnit školení, která odbor připravuje, a to např. oblasti projektového řízení. Díky aktivní účasti ve vyjednávání a činnosti týmu externích odborníků se podařilo České biskupské konferenci vybudovat pozici respektovaného partnera pro státní instituce a nastavit spolupráci s dalšími aktéry jako jsou např. místní akční skupiny, sdružení samospráv, asociace nestátních neziskových organizací a další. Kromě aktivní práce na současném programovém období začínají přípravy na programové období 2020+, proto jsou postupně nominováni zástupci ČBK do nově vznikajících pracovních skupin.